e-Arşiv uygulamasını Başkanlıktan e-Arşiv izni almış özel entegratörlerin bilgi işlem sistemi üzerinde kullanmak isteyen mükellefler, doğrudan özel entegratöre başvuracak olup ayrıca başkanlığa başvuruda bulunmazlar. E-Arşiv Fatura hizmetini özel entegratör vasıtasıyla alan mükellefler, fatura ve elektronik arşiv raporlarında özel entegratörün mali mühürünün ve zaman damgasının kullanılmasını talep edebilirler.